1954年，美国发现因为核子武器而被唤醒、具有超强破坏力的巨兽“哥斯拉”，并试图使用原子弹将其消灭，然而最后仅能使其沉睡于太平洋深处。此后各国便联合展开所谓“君主计划”，以研究彻底消灭怪兽之方法。1999年，菲律宾某矿区发生地震，参与“君主计划”的学者芹泽猪四郎前往调查，怀疑并非因地壳变动所引发，在陷坑中发现了虫形怪兽“穆透”的石化卵囊，还发现有只孵化的穆透已经逃逸。
日本一所核电厂，因为不知原因的地震引发辐射外泄，美国工程师乔·布罗迪的妻子任职于此核电厂，因而遇难。
15年后，乔·布罗迪的儿子福特，现为美国海军上尉，专长为拆弹爆破。他居住在旧金山，与担任护士的妻子艾丽育有一子。某日，福特接到日方的来电，他的父亲因擅闯废核电厂管制区遭逮捕，需要亲人前往保释。原来乔15年来一直执著于辐射外泄真相之追查，为此与试图忘却丧母伤痛的福特渐渐疏远，艾丽鼓励福特前往日本顺道修补父子关系。
电影哥斯拉剧照
将父亲保释出后，原本福特还是不能接受乔偏激的行为，但在乔的说服下，两人再度前往废核电厂管制区寻找证据遗物，发现早已没有核辐射。乔等人被军人抓捕，押送到核电厂废墟后面隐藏的一个基地。基地原来是在过去这些年间一直致力于研究一个穆透的蛹。领队芹泽得知乔曾是核电厂的工程师，交谈后发现原来两人怀疑核电厂事故的发生原因竟然相同：以吸收核辐射为生的怪兽穆透所造成的;研判目前躲藏在废核电厂的穆透，有周期性与外界沟通的迹象，但不知作用为何。在两人前往查看途中，穆透突然孵化，并朝太平洋另一端飞去。混乱当中乔从高处摔下，送院途中不治身亡。
发现怪兽出没的美国军方，早已在太平洋周边进行防御部属。芹泽告知军方以穆透的破坏力，人类的武器无法与之抗衡。恰巧因穆透与外界沟通期间，亦侦测到“哥斯拉”苏醒的回应，芹泽大胆推断人类需借助“哥斯拉”的威力来消灭“穆透”。然美军指挥官担心会伤及无辜，表示不予认同。在父亲身亡后，才了解其所言属实的福特，也担心怪兽会对家人造成伤害，欲向军方贡献己力，借此顺道返回美国。而后美军以监督护卫的方式，跟随哥斯拉经过了遭穆透肆虐的夏威夷而到达美国本土内华达州;原来亦有一只雌性穆透，潜伏在美国内陆，以赌城附近的核废料场维生，与在日本的雄性穆透经过沟通联络上后，欲在旧金山会合而达到繁殖的目的，哥斯拉也因为侦测到穆透的活动而主动追击，以维持自然界的平衡。
美军试图使用核子武器攻击，但在发射之前穆透抢到了核弹当食物。哥斯拉及时赶到协助消灭穆透，在经历无数民众伤亡及广大建筑物损毁的惊心动魄战斗下，哥斯拉终于打败了这一对穆透，福特也趁机将核弹在爆炸前运出旧金山市区。在解除危机后，大自然的守护神也自行返回大海继续沉睡。
电影哥斯拉影评
电影讲述的故事是这样的：一只大熊(哥斯拉)和两只大蟑螂(木托)的动物世界。
关于主角：
故事的主线本来是一个海军男，问题是这位海军男的演技太差了，前半段被他爸抢戏，后半段面瘫。而且。。。尼玛你一个普通海军技术兵种，你又不是海军陆战队你还会跳伞?跳伞就算了，运送核弹头全军覆灭反而你这个技术兵挂不了?一百多米的铁轨掉下来的啊大哥!能不能主角光环再刺眼一点!!
前面你爸演那么感人，信誓旦旦的要揭露黑暗为你妈伸冤，你竟然一点表情都没有??哭一滴泪好歹显得是你亲妈啊。。。
然后你爸就那么挂了?而且你还是连个表情都没有?
然后就是你这个面瘫坐着飞机飞来飞去飞了大半个小时?
唯一主动说要去解除核弹当美国英雄，好不容易到了核弹面前你就这么睡着了?你的队友为了给你打掩护都被干死了你就这么睡着了?你除了跟着剧情走你有那么一点点存在感么??
关于打斗：
打斗讲的是熊追着大蟑螂吃。公蟑螂和新加坡的蟑螂们一样是又大又会飞，母蟑螂和华北平原的大蟑螂一样又大又不会飞但是力气更大。
蟑螂靠吸取重金属衰变释放的核能维持能量，熊的能量来源导演没想好于是没有讲清楚。最初说熊和蟑螂是捕食关系，可是熊好不容易干死了他们睡一觉就走了好吗??根本就没吃!!
为了显得熊(哥斯拉)的牛逼，导演用了f22，航母群，旧金山来显示它多么强大多么强壮，然后咬了半天咬不死一只蟑螂?放嘴里让你咬你都不中用啊!!
咬了半天蟑螂开始反击你了，你妹的又憋出了大招，你在海里生活你还会喷火啊???人家大蟑螂肚子里都是自持核裂变了，温度至少2000度呢，你喷火就把脖子烧掉了???
这些蟑螂的几百个卵都已经基本成型了，基本上马上就破壳而出了。然后一把火烧死了?最初说一只蟑螂破壳而出都能打地洞钻出来然后在海里游了几千公里去日本吃核电站，一苏醒过来就电不死炸不死，你妹的一烧汽油一下子几百只就烧死了??不是全身都是化石吗?又变成全身是火柴了吗?
前面大蟑螂f22，反舰导弹在金门大桥轰了半天没一点事，男主角要去iso单打核弹的时候队友们的rpg和步枪就把大蟑螂打的抬不起头了?都打的它如临大敌去揍你们?前面在日本高压电都搞不死啊，现在几颗子弹就打趴下了?导演你能想清楚再拍么?
还有，到底哥斯拉吃什么啊???什么东西维持的能量可以干翻靠核裂变为生的大蟑螂?既然说哥斯拉生活在海底，那最多就是火山而已啊!熔岩温度已知的最高是1500度，请问如何发出超过2000度的火来烧死大蟑螂的?火山能本身不可携带请问你怎么吸收的?你平常喝海底岩浆么?
