一九三七年六月，日军精锐三面包围北平，顿时北平危在旦夕。军政公署主任苏从恩急令各大学教授迅速南迁。谁料，京华大学以化学家柳剑白为代表的教授们却拒绝撤离北平。
然而,日本政府拟定的“东方文化战略”已悄然实施，日军司令官铃木将一份北平教育精英名单摆在了日军将领面前，其中，当属吴明泰的大名最为显赫。铃木命令，不惜采取一切手段，将所有学界泰斗、文化名人全部扣留北平。
情报传来，苏从恩焦急万分，深知主持校务的舒立凡率学人南迁绝无可能，唯有吴明泰才能完成这一重任，然而，吴明泰恰恰身在美国。
美国波士顿大学，有望获得诺贝尔奖的吴明泰毅然放弃荣誉，决定回国，却遭到未婚妻黄幽兰的反对，化名“张华”的日驻美特高课头目中川洋子接到阻止吴明泰回国的密令，竟向黄幽兰编造了吴明泰与漂亮女助手舒立娟私奔的“秘密”。痴情的幽兰相信了，一记耳光狠狠地打向舒立娟。吴明泰惊呆地看着黄幽兰，而她却告知父亲黄森以总领事的权利不准吴明泰回国。深夜，吴明泰突然得知舒立娟“割腕自杀”的消息，当他赶到舒立娟住处时，却神秘地失去知觉。然而醒来时，身旁竟然是同床共枕的舒立娟，而眼前站满灯光闪耀的拍照记者和愤怒的黄幽兰。
绝望的黄幽兰失声痛哭，悲痛欲绝。当她得知这一切是“张华”所为时，决意与吴明泰一道回国。
中川洋子阻止吴明泰回中国的阴谋仍在实施着，但吴明泰却终于获准回国，谁料，当他们刚刚踏上归国的游轮时，黄森却扣留下幽兰，而等待吴明泰的仍是日军特高科布下的追杀陷阱。
抉择第2集剧情介绍苏从恩桌上的红机响了起来，吴明泰回国的消息令他欣喜若狂。谁料，吴明泰乘坐的列车却突然遭到日军的空袭，猛烈的轰炸吞没了列车，吴明泰生死不明。党的领导黄亦萍向地下党员胡思良下达了不惜一切代价保护吴明泰的指示，而铃木派出的特遣队已经抢先出现在被炸地区――慕田峪。
山路上，吴明泰、舒立娟艰难地行走着，娇嫩的舒立娟突然身体失去平衡，滑向陡峭的深渊，危难时刻，吴明泰奋力将她拉上峭壁，她深情地望着老师，刚想说些什么，围追堵截的特遣队突然出现在眼前，吴、舒拼命的奔跑，然而，日军的追击却愈来愈近，危急关头，向导罗大哥只身引开了日军。
枪声响了，罗大哥中弹身亡，正当日军扑向山洞中的吴明泰时，胡思良率领的骑兵赶到，僻静的山峦，响起激烈的枪声和爆炸声，吴明泰终于获救，回到北平。
此时的校园，教授们走与留的争吵仍在继续，舒立凡难以说服学人，更令他想不到的是，日军特高课已经死死地盯上他这位曾在日本留学、与女谍报人员有过风流艳史的知名人物，当金学恭把女谍报人员和一张孩子的照片摆在他面前时，他彻底崩溃了。
电视剧抉择剧照
舒立凡胆颤心惊的回到家中，而在家中，妹妹舒立娟的归来更使他暴跳如雷，他知道，吴明泰的回国便是他一心想当校长的梦将永远化为泡影。
更难已想像的是，就在舒立凡变节的当夜，特高课的魔爪已然伸向吴明泰的弟弟――吴明安。
吴明泰终于以京华大学校长的身分推开了办公室的大门，而舒立凡却冷眉怒斥吴明泰夺走自己所爱的女人黄幽兰，恶伤的指责并没有摧毁吴明泰率领学人南迁的意志。然而，当舒立凡宣告坚决不撤离北平时，吴明泰将愤怒的手，指向舒立凡。
柳剑白是教育界重量级的人物，他不相信区区小日本能攻下北平，执意不走。国学大师尚文井堪称学界泰斗，更是难舍万贯家书不肯南迁。支持吴明泰的法学博士孟天戈却暗遭毒手，生命垂危，而舒立凡却在暗中鼓动教授们留在北平也是抗日，一串串难题同时扑向了吴明泰。
黄森奉命回国参战，黄幽兰欲避开父亲，悄悄去找吴明泰，然而。
抉择第3集剧情介绍随父归来的黄幽兰扑向吴明泰，她在喜泪中露出了笑容，因为吴明泰同意他的要求，婚礼在南迁路上举行。
北平的夜空依然宁静，猛然，舒立凡意外地看见黄幽兰，当他奔向幽兰时，金学恭却将一粒药丸投入杯中，这是一颗12小时后发作的剧毒药品，他的目的是拖延吴明泰南撤的时间，当幽兰举起最后一杯酒时，舒立凡似乎良心受到谴责，猛然站了起来，然而，在金学恭的目光中他却再次低下了头。
终于，黄幽兰倒在吴明泰怀中，吴明泰悲痛欲绝，舒立凡却嫁祸是吴明泰害死了黄幽兰，消息传来，黄森老泪纵横，发誓一定查出真相，为女儿报仇。
舒立凡阻止学人南迁的计划未能得逞，吴明泰抑制住悲伤，凭借真诚和魅力，在胡思良的保护下，成功的将第一批师生送上了南迁的列车。
苏从恩仰天长叹：“明泰呀，只有我明白你为了学人南迁，费尽了多少心思，付出了多少艰辛那!”吴明泰望着他，久久没能说出话来。远处，枪炮声愈来愈近，日军疯狂地占领了大半个宛平城。柳老先生誓死不向日军的太阳旗鞠躬，挥剑撩倒七、八个扑来的小鬼子，却倒在日军大佐的枪下。柳剑白不顾一切地奔回宛平家中，谁料，出现在他眼前的却是奄奄一息的父亲。
