两个太监回宫即密报崇祯，崇祯信以为真，召袁崇焕入宫，不问青红皂白，将其下狱。陈圆圆得知袁崇焕被冤下狱，极为震惊，去劝说崇祯，崇祯却置之不理。而张嫣对崇祯的做法，也态度暧昧，她一心希望的，是维护崇祯圣明君主的形象和尊严。袁崇焕手下大将祖大寿害怕受牵连，竟率部叛逃。
皇太极的兵马又至，京城危在旦夕。袁崇焕以社稷为重，写下血书召祖大寿回来，祖大寿终被感动，带兵解了京城之围。陈圆圆以为袁崇焕立了大功，崇祯必然放他。不料，朝中大臣议论纷纷，都要让崇祯拿袁崇焕治罪。崇祯骑虎难下。
陈圆圆又说动田妃劝说崇祯，崇祯大为光火，把田妃斥骂一顿，田妃受了惊吓，一病不起。陈圆圆一心要帮崇祯下台阶，也为了救袁崇焕，便偷偷到狱中去见袁崇焕，劝说他向崇祯认错。
明末风云第8集剧情介绍袁崇焕却绝不认错，而崇祯也不肯承认自己抓错了袁崇焕。就在这僵持之时，魏忠贤的死党见有机可乘，纷纷跳出来，弹劾袁崇焕是暗中和皇太极议和，来达到五年平定辽东的承诺，乃卖国欺君。崇祯自视为明君，最恨有人骗他，让他上当，加上张嫣极力要维护崇祯的明君形象，也支持崇祯的做法，崇祯终于下了处死袁崇焕的决心。
袁崇焕被戮，惨不忍睹。崇祯内心里感觉到自己做了件不该做的事，异常痛苦，一个人偷偷祭奠袁崇焕。陈圆圆开始对崇祯失望，但在目睹崇祯的痛苦后又原谅了他。皇太极成功除去袁崇焕，大喜过望，预料崇祯自毁长城，大明必亡。他在宫中设宴庆贺，多尔衮和庄妃却偷偷幽会，差点被他发现。
崇祯整肃朝纲，杀了一些贪官污吏，开始了“圣天子第一新政”，大明果然有了中兴气象。陈圆圆对崇祯的感情加深。她为一病不起的田妃祈祷，被崇祯撞见，崇祯对她产生了好感。
明末风云第9集剧情介绍崇祯对陈圆圆的感情让张嫣嫉妒，她又曲折地向崇祯表白自己，而崇祯在对张嫣的崇敬之中，也生出了依恋之感，这让他倍感痛苦，却又无法实现，便把感情埋在心里。陈圆圆敏感到崇祯对张嫣的依恋，向崇祯道破。崇祯不愿直面，恼羞成怒，将陈圆圆打入冷宫。皇太极派多尔衮、多铎和儿子豪格率兵去收服察哈尔部，扩大实力。
多尔衮一战而胜，俘获苏泰太后，并得到了元朝失传的传国玉玺。多尔衮如获至宝，以为这是他将当皇帝的吉兆，野心膨胀，与多铎秘密商议，准备据为己有。未料豪格暗中风闻，密报给皇太极。皇太极极为震惊，决定处死多尔衮，以绝后患。庄妃救多尔衮心切，冒险送出密信。
多尔衮正在班师途中，皇太极突然带众大臣前来迎候，其实是准备将他拿下。幸好庄妃的密信提前到达，多尔衮机智应变，在万分危急之中献出传国玉玺，逃过了一劫。
