沈亚奇和方岩松在浙江嘉兴南湖告别，方岩松希望沈亚奇活着从重庆回来，然后就秘密结婚。沈亚奇没有接受方岩松的爱，并告诉她现在是抗日，不是谈个人感情的时候。
沈亚奇在仙乐斯舞厅看见赵康连忙离开那个是非之地，她想起贺德彪的命令，不想再重蹈覆辙。寒冰告诉贺德彪，阿雯和公狼的死可能是内鬼干的，只是不知道内鬼是谁。银狐则转移视线，说梅机关的松田祯昭诡计多端，什么招数都会使出来的。松田利用咖啡馆的服务员拍下了赵康和沈亚奇喝咖啡的照片，开始怀疑赵康。并派人跟踪赵康，搜查他的办公室。赵康的命运处于剃刀边缘。
沈亚奇回到重庆，贺德彪埋怨她和赵康的这次见面，把赵康带入一种非常困难的境地。沈亚奇不解。松田审问赵康是否是卧底，赵康再三辩白，并向松田辩表白忠心。沈亚奇也遭到贺德彪的怀疑，她也在辩白自己不是叛徒。中统上层命令特工把沈亚奇抓起来，严刑逼供，要她承认是日本间谍。沈亚奇被打昏了过去。贺德彪探望沈亚奇，揪心万分，要沈亚奇再等一等，他正在幕后筹划营救她。贺德彪派人暗中调查银狐，寒冰找贺德彪为手下鸣不平。八年抗战，就要迎来胜利的曙光。军统高层准备派寒冰和银狐去上海，等待日本投降以后，接管特务机构和财产，把日本梅机关和76号统统地接管过来，中统那边也在准备。
沈亚奇绝食三天表示自己的清白。贺德彪偷偷地探望她，告诉她日本投降在即，唤起了沈亚奇生的希望。
蓝色档案第14集剧情介绍贺德彪怀疑银狐是内鬼，银狐为自己狡辩。两个人进行智力和心理的博弈，难分高下。贺德彪希望银狐能及时提供军统的消息给他。中统查明情况后，解除了对沈亚奇的审查。贺德彪派人把沈亚奇送进了医院养伤和恢复。金百合组织成员之一小岛从菲律宾来到上海与松田相见，东南亚的黄金已经全部被他们掠夺过来，这是日本人发动战争的真正目的。小岛被寒冰的美色吸引，俩人从舞厅坐黄包车到五月花酒店。李香梅奉松田之命跟踪他们，被小岛骂退。寒冰从小岛的口里得知从菲律宾一共过来3条船和其他详细信息后，开枪将小岛打死，并及时向军统汇报了这一重要信息。
贺德彪请沈亚奇吃饭，沈亚奇获知金百合组织的具体消息，立即发电报给地下组织。老马认为这是沈亚奇设的圈套，怀疑沈亚奇已经叛变。要求方岩松立即除掉沈亚奇。军统这次抢在了中统的前面，他们派人炸沉了那三艘货轮。中统也派人到上海去，随时准备接管日本人掌控的机关和要害部门。陈老板决定派沈亚奇去上海，出任汇通银行的总经理。贺德彪安排了一个懂行的人苏眉去做沈亚奇的秘书。沈亚奇去银行其实是个幌子，主要任务还是搜集情报。军统派银狐和寒冰去上海寻找一份记载了日本梅机关在上海的潜伏特务名单的蓝色档案。中统也派贺德彪去执行这项任务，以防落到共产党和美国中央情报局的手中。
沈亚奇在舞厅收到了地下党组织的秘密接头地点的纸条，差点被贺德彪发现。沈亚奇偷偷把纸条烧毁，贺德彪在一旁悄悄看着。沈亚奇赴约，却遇见了贺德彪，贺德彪告诉了她关于蓝色档案的任务。沈亚奇始终没有等到人，其实，贺德彪就是她要等的人。
蓝色档案第15集剧情介绍太平洋战争爆发以后，日本节节败退，梅机关的末日也要来临，李香梅自杀身亡。老马等认为6号沈亚奇已经叛变，方岩松要求自己去解决她，将功赎罪。松田命令一个士兵把特务名册拍成胶卷，然后烧掉名单，并把这个士兵打死灭口。抗日战争胜利在即，逢天爵和宋家管家一起布置宋家，等候两个小姐回来。沈亚奇回到上海，坐了一天的黄包车，都没有找到地下党的联络地点，所有的联络方式都中断，这让沈亚奇心理忐忑不安。
老马派人暗杀沈亚奇，等沈亚奇发现时，这个杀手已被一个女特工打死。方岩松化妆成服务员，钻进沈亚奇的房间。黑暗中，贺德彪派来保护沈亚奇的女特工和方岩松相互开火，方岩松受伤，以为对方是沈亚奇，呼唤她不要再开枪。女特工没想到自己保护的人竟然是个共产党，被沈亚奇一枪打死。松田命令两个特务把一个铁箱子送到开元寺的一个智能和尚那里，然后在卡车里安放炸弹把两个特务炸死。松田叮嘱智能保存好蓝色档案。
