总督对他们说起了20天前孙文领导的武昌起义，马玉文说蔡锷和李根源是革命党，要提前除去。云贵总督李京羲说蔡锷是他信任的人，并说有他在就有蔡锷在，虽然马玉文是京城里派来的人，李京羲让他们俩将兵权控制好。马玉文带人和李根源对持起来，蔡锷带兵赶快，马玉文怀疑他们是革命党，总督请三个赴宴。
蔡锷和李根源出门后分开而行，马玉文的人跟踪着蔡锷，跟踪的人被悉数杀死。见明的不行他们打算买杀手刺杀蔡锷，蔡锷回去后准备起义。赵忠诚来到军械库，他将蔡锷回去后开会的事儿告诉了马玉文，并说挑选军械库的人。
马玉文带兵赶到蔡锷府中，蔡锷承认了自己是革命党，蔡锷倒的茶被赵忠诚喝了，马玉文的话没人听，赵忠诚在军械库挑选的人都是革命党，而赵忠诚一直都是蔡锷的护卫队长。蔡锷押着马玉文并让他打开军械库的大门，由于情况危机蔡锷手下的士兵做他的替身，杀手知道后也赶去军械库。
护国军魂传奇分集剧情介绍1-37集大结局
杀手分不清蔡锷是谁，他们认为后面的人是蔡锷，由于杀手提前开枪让马玉文化挣脱，他们必须在十五分钟之内杀进军械库，否则敌人增兵就到了，双方一场激战中。蔡锷开枪击毙了马玉文，军械库的大门被打开，李根源带人从北门杀入了总督府，军火已被蔡锷的人搬运完毕。
军械库已被党清军注意，蔡锷在属下的人的请求下他离开了军械库朝南门而去，蔡锷的替身为了吸引清军注意留在军械库死战。蔡锷的74标在南城门和李根源会合，总督府很快被攻陷，云贵总督李京羲下落不明，蔡锷说他知道李京羲在哪儿，他想起了以前李京羲给他说过话蔡锷在送李京羲回老家的时候被杀手攻击，他的护卫子弹用光后徒手和杀手们展开搏杀，杀手的老大被李书文杀死，他自己也中箭，他用的是苦肉计，并跟随蔡锷回到城中。
蔡锷在密室中找到了李京羲，他跪下将战刀交给李京羲，并说自己生死交由他来处置。
护国军魂传奇分集剧情介绍第2集大总统袁世凯让蔡锷进京，他手下将领劝告他不要进京，但蔡锷为了实现理想执意进京。在去北京的火车上仍有杀手要刺杀蔡锷，由于蔡锷在火车上的护卫不多，他们打算趁机在车上动手，几个护卫出去后都没回来，这让蔡锷感觉很担心，他要将他们找回来。书文说他去，他之前是在江湖上行走的，自己去会比较合适一些。
蔡锷见书文迟迟不回来，他出来见到了绑架书文的人。那帮匪徒将蔡锷带走，蔡锷说他杀的都是贪官，等他们要对蔡锷动手时被一伙来路不明的人杀死，蔡锷说让他代自己感谢大总统。救蔡锷的是唐宽，他向蔡锷保证这一路上不会再起事端。
袁世凯亲自来到火车站接蔡锷，这次是为了吸引孙海川上钩，孙海川是清朝第四禁卫军的头领，他手下的人都是暗杀高手，袁世凯这次设局是为了一举消灭他们。孙海川看出来了那车里没人，可能是个诱饵，孙海川也早已猜出手下人的叛变。
蔡锷见到了袁世凯，袁世凯多年来的习惯，一天十二颗蛋，早中晚各四颗，从拨蛋的方式上两人各执不同意见。袁世凯对蔡锷说把他调回北平是给做天下看的，蔡锷如实地说出了自己的想法，袁世凯问他知道要被削去兵权为什么还来北京，蔡锷说他愿意做这个出头鸟，并说如果这样做能让天下太平是他最愿意看到的。
袁世凯请蔡锷看戏，他让他看了孙海川手下第四禁卫营的人，并说要去见见孙海川。当他们赶到孙海川屋里时发现他已经逃走了，李书文请求参加追捕行动，他被许可了。孙海川被堵在路两边，李书文将人打死后跪拜在孙海川身前。李书文是孙海川收买的人，他让李书文悄悄藏在蔡锷身边。
李书文回去后唐宽怀疑他是孙海川收买的内奸，但蔡锷相信他，李书文的功夫让他们大开眼界。蔡锷被唐宽带到一处安静的住处，那儿的摆设和他在云南老家一样。
